Su último campeonato lo logró el 17 de noviembre de 2016 frente a Junior en la ciudad de Barranquilla, tras ganarle ambos compromisos, estos por Copa Colombia y quedar un global de 3-1 completando así 26 títulos. Es el partido que enfrenta a los dos principales equipos del Valle de Aburrá y propiamente los únicos clubes profesionales de la ciudad de Medellín: Atlético Nacional e Independiente Medellín.

Tras el inicio del nuevo proceso con Osorio, Nacional obtuvo su segundo título en esta era, al ganar la Copa Colombia por primera vez ante el Deportivo Pasto por marcador global de 2-0 con goles de Fernando Uribe y Juan David Valencia. La respuesta del presidente Amadeo Salvo fue que Bankia no era quien debía decidir el futuro inversor, y presentó el 22 de diciembre el interés del multimillonario Peter Lim en comprar el club con un proyecto deportivo de máximo nivel. Se pretendían arrancar las obras a mediados de 2018 por valor de 500 millones de libras esterlinas, siendo así el estadio más caro de Europa, para que concluyeran en 2023 o 2024 pero, de manera sorpresiva, el Chelsea anunció en un comunicado que el proyecto del nuevo Stamford Bridge queda suspendido temporalmente sin dar una fecha de reinicio, argumentando un clima desfavorable de inversión.

En el partido de vuelta, las camisetas de futbol el resultado fue de 1-1 y el equipo del sur de Brasil se consagró campeón del certamen. En la Copa Mundial de Clubes 2016 logró el tercer lugar ante el América de México, ganando en la definición por penales, tras empatar 2-2. El 10 de mayo de 2017 Nacional logró ser el primer campeón para Colombia de la Recopa Sudamericana, se disputó entre el campeón de la Copa Libertadores 2016, Atlético Nacional y el campeón de la Copa Sudamericana 2016, Chapecoense.

Para 1999, el equipo verde doblegó 1-0 a Independiente Medellín logrando así disputar la gran final de ese año contra el América de Cali que a la postre ganó Nacional. El partido de ida fue el 19 de abril, en Medellín con victoria 1-0. El de vuelta en Bogotá, el 26 de abril, terminó 1-1 y se clasificó así a la siguiente ronda, la semifinal. El partido se mantuvo 0-0 hasta un extra tiempo prolongado al máximo, un tiro libre cobrado por Alberigo Evani al minuto 119 le dio a victoria a los europeos. Fue victoria para el verdolaga por 2-3, y se consagró campeón del certamen.

En la Copa Libertadores de 1989 la rivalidad nació después de la eliminación del club bogotano en cuartos de final a manos de Atlético Nacional y que fue campeón más tarde. Ascendería el equipo valenciano como campeón y el avilesino terminaría tercero de la liguilla. El 3 de mayo fue anunciado Juan Carlos Osorio como nuevo director técnico luego de la salida de «Sachi» Escobar. En la “zona roja”, reservada para los que llevan a cabo las peores prácticas, ya sea por falta de transparencia en general, por carecer de compromisos para eliminar los sintéticos, o por el uso de estos materiales en sus líneas comercializadas como ‘sostenibles’, se encuentran marcas como Nike, el mayor usuario de sintéticos por tonelaje, Primark, Patagonia y Gap.

Además del ingrediente estrella del poliéster, otros materiales fósiles son el nylon, el elasteno y las fibras acrílicas. Debido a ello, la Conmebol decidió suspender todas sus actividades oficiales, incluyendo la final del torneo, de forma indefinida. Los dos clubes se han encontrado de forma directa o han definido situaciones especiales entre ellos en la consecución de títulos nacionales. En el Torneo Finalización no clasificó a fase de eliminación directa en una campaña irregular. En el Torneo Apertura hizo una campaña irregular, terminó sexto en la fase de todos contra todos, luego fue eliminado en cuartos de final por el Deportivo Cali 4-3 en el global.

En el Torneo Apertura quedó segundo con 36 puntos, en el Torneo Finalización quedó sexto luego del cambio de entrenador de Reinaldo Merlo a Luis Fernando Suárez. Así, se dio un paso de gigante hacia la independencia del club, aunque no sería hasta 1923 cuando la misma se reflejara en sus estatutos. Así, es muy eficiente frente al viento, mejora la combustión y ahorra mucha energía.

En cuartos de final, enfrentó nuevamente a Millonarios. En cuartos de final se eliminó al Mallorca y en semifinales esperaba el batallador Albacete. Terminó segundo con 10 unidades, pero fue derrotado en cuartos de final por Defensor Sporting de Uruguay. En el 2014-I, Atlético Nacional logró su tercera final consecutiva por segunda la primera fue desde Apertura 2005 y ser el primer equipo colombiano en obtener el tricampeonato en torneos cortos, con una excelente actuación, llegó a la final contra el Junior. En 2006 Nacional llegó hasta octavos de final de la Copa Libertadores, donde fue eliminado a manos de la Liga de Quito.

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